على الرغم من كون كتاب العين أول معجم عربي فإن معرفة الدارسين به وإفادتهم منه محدودة، والسبب في ذلك هو الترتيب العجيب الفذ الذي ابتكره الخليل، فقد رتب مواده بحسب ترتيبه الخاص للحروف الذي راعى فيه ترتيب الحروف في النطق، حيث بدأ بأعمق الحروف في نظره وهو "العين"، ثم تدرج في الترتيب بحسب عمق المخرج وبعده، حتى انتهى إلى أقربها مخرجًا وهي الحروف الشفوية، ثم الحروف الهوائية (حروف المد)، وهذا الترتيب فيه من المشقة والحرج ما لا يخفى، مما جعل البحث في هذا المعجم النفيس مقصورًا على الخاصة من ذوي الهمم العالية.
وتيسيرًا على طلاب العلم أعاد الدكتور (عبد الحميد هنداوي) ترتيبه على الترتيب الذي اعتادوه في المعاجم الحديثة على حروف الهجاء (أ - ب - ت - ...)، وجاء في أربعة مجلدات، يحتوي كل مجلد على عدة أبواب:
1- المجلد الأول من باب (أ : خ)
2- المجلد الثاني من باب (د : ص)
3- المجلد الثالث من باب (ض : ق)
4- المجلد الرابع من باب (ك : ي)
